手把手教学系统进化树构建

　　一、系统进化树（phylogenetictree）
　　具有共同祖先的各物种类群相互间演化关系的树，又被译作系统发育树、系统演化树、系统发生树、种系发生树、系统树等。
　　二、为什么要构建系统进化树？
　　1。推测进化模型。从进化树拓扑结构和枝长中推测背后的进化机制。
　　2。预测。模型体现的是机制，机制清楚了，就可以对关键位置进行预测。
　　三、构建系统进化树常用的方法
　　1。基于距离：
　　UPGMA（类平均法）
　　ME（MinimumEvolution，最小进化法）
　　NJ（NeighborJoining，邻接法）
　　2。基于特征：
　　MP（Maximumparsimony，最大简约法）
　　ML（Maximumlikelihood，最大似然法）
　　BayesianInference（BI，贝叶斯方法）
　　（通常用两种以上方法构建系统树）
　　四、系统进化树的评估
　　自展支持率：Bootstrapsupport
　　后验概率：Posteriorprobability
　　五、构建系统进化树的流程
　　六、构建系统进化树的常用软件
　　PAUP，商业软件，集成的进化分析工具
　　MrBayes，Phylobayes（蛋白）
　　PhyML，RAxML
　　MEGA，图形化的软件，使用方便
　　Onlineserverplatform
　　七、流程详解
　　1。获取数据
　　数据类型：
　　核苷酸序列，氨基酸序列，形态学数据
　　数据格式
　　纯文本文件：
　　Arabidopsis01【OTU，运算的分类单元，类群个体基因型】AAATCGGGTTCCCTT（数据）
　　3。准备数据原始文件
　　用Notepad打开txt文件
　　利用Bioedit软件排列
　　用ClustalW排列矩阵
　　手工校正
　　在Bioedit下Fasta格式保存
　　用DAMBE软件转换格式
　　用PAUP构建最大简约（MP）树
　　编写PAUP4运行脚本“PAUPMP脚本。txt”文件
　　运行test1PAUP。NEX
　　用treeview打开结果文件test1MPhs。tre，显示最大简约树（矩形树）
　　最大似然（ML）树的构建
　　用PhyML软件构建ML树，数据格式：。phy
　　打开PhyML软件包，从输入文件包中拷贝test1。PHY，粘贴
　　双击PhyML3。1win32。exe，
　　输入文件名：test1。phy，按照屏幕提示选择各项参数
　　用treeview打开树图文件test1。phyphymltree。txt
　　分支旁边的数字是自展支持（bootstrapsupport）率。
　　利用MEGA软件构建系统树
　　用MEGA软件打开fas格式文件
　　用MEGA软件打开test1。fas，选择序列类群
　　打开phylogeny下拉框，构建最大简约（MP）树
　　选择建树参数
　　显示并编辑树图
　　输出树图文件
　　PhyML平台构建系统树
　　https：www。hiv。lanl。govcontentsequencePHYMLinterface。html
　　CIPRES平台构建系统树
　　iTOL平台编辑系统树
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