海洋生物的遗传多样性比陆地生物更为丰富和复杂，许多类群基因序列的515是复合型，而陆生哺乳类和鸟类的平均值分别为3。6和4。3。据统计，中国海域已记录的海洋生物物种共20278种，隶属于44门，其中鱼类约占世界总数的14，蔓足类约占24，昆虫类约占20，红树林植物约占43，海鸟类占23，头足类占14，造礁珊瑚物种约占印度西太平洋总数的13。
　　海洋生态系统遭到破坏，生物多样性受到威胁
　　1、红树林生态系统
　　红树林是生长在热带、亚热带海岸潮间带的一种特殊的植物群落。广东20世纪50年代仅雷州半岛的红树林面积就有140km2，但因砍伐、围垦、建虾塘等，1985年仅剩不足60km2；2001年全省红树林面积9084hm2；广西曾有红树林湿地面积223km2，现在仅存56km2；海南多数江河出海口及沿岸独立的海湾均有红树林生长，20世纪50年代初期琼山、文昌、陵水、三亚、儋州等地约有红树林100km2，但到20世纪80年代剩下不足50km2。
　　2、珊瑚及珊瑚礁生态系统
　　珊瑚礁生态系是由造礁石珊瑚生物群体本身形成的底质所支持的特殊生态系，被称为海底雨林和生物多样性保存库。在遭受人为和自然的双重压力下，珊瑚礁生态系面临着严重的退化，尤其是人类的活动对珊瑚礁影响形势更为严峻。
　　3、海草床生态系统
　　目前，海草的生境已受到围海养虾、海水养殖、非法渔业作业、环境污染、开挖港池航道等人类活动和台风等自然灾害的严重影响和威胁。
　　4、还有海湾生态系统、河口生态系统、上升流生态系统以及重要的产卵场生态系统等均遭到了不同程度的破坏。
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