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科普相信我,你也可以用R语言画出这么漂亮的桑基图

2月26日 龙凤殿投稿
  桑基图(Sankeydiagram),即桑基能量分流图,也叫桑基能量平衡图;是一种特定类型的流程图。可从线条的走向,粗细的变化和节点间的比较观察对它进行分析观察。图中延伸的分支的宽度对应数据流量的大小,该类图比较适用于用户流量等数据的可视化分析。因1898年MatthewHenryPhineasRiallSankey绘制的蒸汽机的能源效率图而闻名,此后便以其名字命名为桑基图。
  目前的可视化软件极其发达,制作桑基图绝非难事,从主流数据科学编程工具(R、Python等)亦或是人人都能上手的自助式BI工具(PowerBI、Tableau等)都可以胜任此工作。
  今天,以R为例,简单介绍用R制作桑基图的例子,以下例子来源网络,有兴趣深入学习可自行从网上查阅。
  例1:用TCGA数据集中的LIHC的临床数据进行展示,大家可以根据数据格式处理自己的临床数据。示例数据以及R代码见链接。
  桑基图的数据结构需要节点,权重等信息,ggalluvial的输入数据可以是长数据亦可以是宽数据。
  此处以宽数据示例:对临床数据进行简单的处理,得到后四个变量的频数,整理成宽数据
  绘制桑基图
  图片来源于生信补给站
  例2:画一个DNA
  install。packages(riverplot)
  library(riverplot)
  plot。new()
  par(usrc(0,4,2。5,2。5))
  w0。4colsc(blue,green)
  initc(0。8,0。5)
  posc(1,1)
  step0。5
  for(iinrep(rep(c(1,2),each2),5)){curveseg(init〔i〕,init〔i〕step,pos〔1〕,pos〔2〕,widthw,colcols〔i〕)
  init〔i〕init〔i〕steppospos1
  }
  图片来源于网络
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