鱼主要靠鱼鳃呼吸，当水流经过鱼鳃的时候，鳃丝内的血管可以和水完成气体交换。除了鱼鳃外，非洲的肺鱼可以用鱼鳔进行呼吸，让它在离水后可以存活一段时间。而弹涂鱼则可以用皮肤以及口腔黏膜呼吸，但在晒干前要重回水中。泥鳅则可以在水体氧气不足的时候，游到水面靠肠道呼吸。
　　一、鱼鳃
　　鱼类都可以用鱼鳃进行呼吸。和陆生动物用肺呼吸不同，鱼儿的鱼鳃只能在水中才能发挥作用。它们的鳃盖下有鳃丝，鳃丝则密布着血管，当水流经过鳃部的时候，由于水和血液的流动方向相反，因此可以进行高效的气体交换，从而获得氧气，排出二氧化碳。
　　二、鱼鳔
　　除了鱼鳃外，还有一些鱼具有辅助呼吸器官，其中非洲肺鱼可以依靠鱼鳔呼吸。之所以叫肺鱼，是因为它们的鱼鳔构造特殊，类似肺部，中央腔的周围是小气室，小气室内又分为多个小气囊，可以储存氧气，让它们在离水后可以继续呼吸一段时间。
　　三、皮肤
　　弹涂鱼是一种生活在暖温性近岸的小型鱼类，一般栖息在沿岸的浅水区内，等到退潮的时候，它们可以在地面上活动觅食。这种鱼之所以离水也不会死，靠的就是皮肤和口腔黏膜进行呼吸，不过在晒干前，它们还是需要重回水中的。
　　四、肠道
　　在河流、湖泊以及水田的底层，生活着一种名为泥鳅的鱼类，它们昼伏夜出，具有很强的适应性，当水体缺氧的时候，这种鱼可以游到水面，将空气吞入到肠道中，从而进行呼吸。水池干涸前，只要潜入泥中，它们就可以继续生存。

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